A szegedi Finnugor Tanszéket Hajdú Péter alapította 1959-ben. Előtte Mészöly Gedeon vezetésével működött a Finnugor Nyelvészeti Intézet 1947-től 1958-ig. Hajdú Péter Budapestre távozása (1974) után Mikola Tibor került a tanszék élére. Őt követte 2001-től Bakró-Nagy Marianne, 2011-től Sipőcz Katalin, 2022-től pedig Szeverényi Sándor. A SZTE Finnugor Tanszék a kezdetektől fogva a szamojéd és obi-ugor nyelveknek nemzetközileg elismert kutatóhelye, a 90-es évektől pedig az udmurt nyelv oktatása és kutatása is jelentős. A tanszék a Nyelvtudományi Doktori Iskola Uralisztika alprogramjának gondozását is végzi.