1879-ben Magyarpécskán jómódú földműves-gazdálkodó családban született. Római katolikus papi pályára lépett, és tanulmányokat kezdett a temesvári szemináriumban, ahonnan 1899-ben Rómába küldték tanulni. 1902-ben a római Szent Gergely Egyetemen bölcsészeti, 1906-ban hittudományi doktori oklevelet szerzett. Közben 1905. október 28-án szentelték pappá Rómában. 1902–1910 között Temesvár–gyárvárosi káplán és a helyi hittudományi főiskola tanára volt. 1910–1914 között Nagyszombatban és Tronchiennes-ben a jezsuita rend tagja volt. 1914–1919 között a pesti, majd a budai Szent Imre Kollégium tanulmányi felügyelőjeként tevékenykedett. Közben 1915-ben a budapesti egyetemen bölcsészdoktori oklevelet szerzett. 1919–1921 között ismét Temesváron volt teológiai tanár, püspöki bírósági ülnök, a papképző szeminárium lelkiigazgatója és a székesegyház hitszónoka.

1921. november 22-én gróf Klebelsberg Kuno vallás- és közoktatásügyi miniszter előterjesztésére a kormányzó kinevezte az Erzsébet Nőiskola polgári iskolai tanárnőképző főiskolájának filozófia és pedagógia tanárává. 1922. április 24-én a polgári iskolai tanárnővizsgáló bizottság tagságát is elnyerte. 1921–1928 között tanított az Erzsébet Nőiskolán. A Fővárosi Pedagógiai Szemináriumban pedagógiai lélektanból vállalt előadásokat. 1928-ban például Pedagógia lélektan, Az etika fő problémái és A jelenkori filozófia fő irányai című tárgyakat adta elő heti egy-egy órában. A szemináriummal kapcsolatos Lélektani Laboratóriumban kollégája volt többek között Bárczy Gusztáv, Imre Sándor, Nagy László, Ozorai Frigyes. A laboratórium tudományos vizsgálatokat végzett a módszerek kiválogatása, illetve továbbfejlesztése érdekében. A pedagógiai-pszichológiai szakosztály vizsgálati teszteket dolgozott ki az akarati élet, az emlékezet, a fantázia és kombináló képesség, az ítélet témakörökhöz. Kísérleteket végeztek a tanulók figyelme, munkateljesítménye, kifáradásának vizsgálatára. Foglalkoztak a fogyatékos, az elmaradott, az abnormális és a tehetséges gyermek jellemzőivel.

A két budapesti főiskola összevonásának és Szegedre helyezésének, valamint a képzés átalakításának nyitányaként a vallás- és közoktatásügyi miniszter 40.153–1927. IV. számú rendeletével már 1927 júniusában kinevezte a végül csak 1928-ban felállított Állami Polgári Iskolai Tanárképző Főiskola mellett működő Országos Polgári Iskolai Tanárvizsgáló Bizottságot. Ennek tagjai között Mester János már az Állami Polgári Iskolai Tanárképző Főiskola rendes tanáraként szerepel. 1928–1930 között a Szegedre helyezett főiskolán folytatta a pedagógia és filozófia előadását. Itt jelentősek a „cselekvő iskola” lélektani alapjaival kapcsolatos kutatásai. 1930-as távozásakor a főiskola Pedagógia–Filozófia Tanszéke vezetését – Mester János javaslatára – a tanári kar úgy szerette volna megoldani, hogy a kettős intézetet szétválasztják, az újonnan felállítandó Filozófiai Tanszék élére Somogyi Józsefet, a szintén újonnan megszervezendő Pedagógiai Tanszék élére pedig Tettamanti Bélát kívánták kineveztetni. A minisztérium azonban nem engedélyezte a tanszékek számának növelését. Mester János hivatali utódja Somogyi József (1898–1948) lett, Tettamanti Béla (1884–1959) csak óraadóként adhatott elő a főiskolán.

1930. március 29-én a vallás- és közoktatásügyi miniszter előterjesztésére a kormányzó a szegedi egyetem II. számú filozófiai tanszékére egyetemi nyilvános rendkívüli tanárrá nevezte ki. Alig két hónappal később, május 20-án pedig az egyetem mellett működő középiskolai tanárvizsgáló bizottságba is kinevezést nyert öt év időtartamra. Ezt 1935-ben és 1940-ben is meghosszabbították. 1941-ben, 1942-ben, 1943-ban a bizottság elnökévé is kinevezték. 1930–1940 között a szegedi egyetem filozófiai tanszékét vezette. 1934. július 18-án a nyilvános rendes tanári kinevezést is elnyerte. 1940 őszén a kolozsvári magyar tudományegyetem ismételt felállítása alkalmával a szegedi egyetemen megüresedett a Neveléstudományi és Lélektani Intézet, s Mester János a filozófiát pedagógiára váltva 1940–1949 között a Neveléstudományi Intézetet vezette. Dékáni tisztséget két tanévben (1938/39.; 1946/47) töltött be a szegedi Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Karon.

Mester János az olasz esztétikai, filozófiai és pedagógiai irodalom kiváló ismerője. A szegedi egyetem lélektani tanszékén 1929–1940 között működő Várkonyi Hildebranddal (1888–1971), az őt követő Bognár Cecillel (1883–1967) és másokkal a szegedi egyetem pedagógiai tanszékének a budapestitől eltérő szemléletének megteremtője lett. Kollégáival mindent elkövetett, hogy a Kisparti János tankerületi főigazgató által szervezett pedagógiai rendezvényeken megismertesse a régió tanáraival Maria Montessori, az Agazzi nővérek, Don Bosco és mások reformpedagógiai gondolataival. Szintén a tankerületi főigazgató vonta be Mester Jánost a tankerület pedagógiai folyóiratának, a Nevelésügyi Szemlének a szerkesztésébe is. E mellett 1943-ban a Délmagyarországi Nevelők Egyesülete folyóiratának szerkesztője lett. Összesen 5 számot szerkesztett. Munkájában követte a Kisparti János és a Tettamanti Béla által kialakított hagyományokat. Az utolsó öt Nevelésügyi Szemle tanulmányainak témái: az iskolai nyelvvédelem, a középiskolai reform, az iskolai adminisztráció, a közösségi nevelés, az életre nevelés a leányközépiskolában, a film és szemléltetés, az ötjegyű osztályzat kérdése stb.

Az 1938/39. tanévben a Bölcsészet-, Nyelv- és Történettudományi Kar dékánjaként az egyetem vezetőivel együtt november 10-én Kassára utazott, és részt vett Horthy Miklós kormányzó kassai bevonulásának ünnepségén, majd aktív szerepet töltött be a szegedi egyetemre érkező felvidéki hallgatók felzárkóztatásában és szociális ellátásában. Az egyetemi ünnepségek fényének emelése érdekében díszes öltözékeket szeretett volna vásárolni az egyetem elöljáróinak, de az elérhető szűkös anyagi keretből 1939 májusában csak az elhasználódott pedellusi díszruhák cseréjét sikerült megvalósítani.

1949-ben nyugdíjazták. Ezután haláláig Solymáron élt a diktatúra által igen szerényre szabott körülmények között.