A Tolna megyei Bátaszéken született 1895. február 17-én közepesen jómódú német anyanyelvű parasztcsalád gyermekeként. A bátaszéki elemi után a szekszárdi polgári iskolába járt, majd néhány különbözeti vizsga sikeres teljesítése után az 1908/09. tanévet már a szekszárdi gimnázium 3. osztályában kezdte. Majd a következő, 1909/10. tanévtől kezdve pedig a pécsi ciszterci gimnáziumban folytatta. Érettségi után 1914-ben lépett be a jászóvári premontrei rendbe. Az újoncév kitöltése után, 1915-ben az innsbrucki egyetemre került latin-német és teológia szakra, s 1921-ben szerzett teológiai doktori fokozatot. Ezután 1921–1925 között a jászóvári premontrei hittudományi főiskolán tanított. 1925–1932 között a gödöllői premontrei gimnázium tanára, egyúttal 1929-től a hittudományi főiskolán is oktatott. 1932/33-ban a Bécsi Magyar Történeti Intézet tagjaként levéltári kutatásokat folytatott. 1933–1940 között a rend budapesti tanárképző intézetének (Norbertinum) tanára volt, közben 1933-tól a Pázmány Péter Tudományegyetemen az újkori magyar egyháztörténet magántanára (habilitációja témaköre: A katolikus egyház története Magyarországon a török felszabadító háborúktól napjainkig), 1938-tól címzetes nyilvános rendkívüli tanára. A fővárosi egyetem tanáraként kapcsolódott bele a ciszterci rend irányítása alatt működő, Szent Imre hercegről elnevezett Foederatio Emericana római katolikus ifjúsági egyesület tevékenységébe. Szintén 1938-ban lett a Szent István Akadémia rendes és a Magyar Történelmi Társulat igazgatóválasztmányi tagja. Budapesti időszakában jelent meg Artner Edgárral közös írt műve: A hittudományi kar története 1635–1935. (A Királyi Magyar Pázmány Péter Tudományegyetem története 1.) Budapest, 1938.

Majd 1940–1948 között a szegedi egyetemen a magyar történelem és művelődéstörténet nyilvános rendes tanára volt. Így a kinevezésekor 45 esztendős Hermann Egyed egyszemélyben egyesítette a korábban Deér József és Erdélyi László által vezetett két tanszéket. Hallgatói figyelmét igyekezett elsősorban olyan tudományos témák (telepítéstörténet, falutörténet, közigazgatástörténet, iskolatörténet, plébániatörténet) felé irányítani, amelyekhez legalább a korabeli történelmi dokumentumok részét otthon (szülőföldjükön) megtalálhatták. De a világháború miatt egyre súlyosbodó helyzet csak az első próbálkozásokra engedett időt, a háború után pedig már nem lehetett szó komoly munkáról. Szegedi évei alatt és az azt követő esztendőkben több műve is megjelent a veszprémi egyházmegye történetével kapcsolatban (Eberhard Bélával közösen A veszprémi egyházmegye papságának könyvkultúrája és könyvállománya a XIX. század elején. A Veszprémi Egyházmegye múltjából 8. Veszprém, 1942. és önállóan: Népoktatás a veszprémi egyházmegyében a 19. század elején. Budapest, 1943., majd Kurbély György veszprémi püspök 1755–1821. A Veszprémi Egyházmegye múltjából 11. Veszprém, 1947.)

Az 1944/45. tanévre dékánná választották. A kar oktatói közül október 8. után mindössze ketten maradtak a városban, Mester János és Hermann Egyed. Mivel abban a tanévben a Bölcsészet-, Nyelv-és Történettudományi Kar adta a rektort (Koltay-Kastner Jenő), aki azonban október 8-án elhagyta a várost. Ezért a rektor és prorektor helyett ideiglenesen a bölcsész dékán látta el a kar mellett az egész egyetem vezetését és képviseletét is. A szovjet városparancsnok rendeletére köteles volt mielőbb megnyitni az egyetemet és zavartalanul működtetni a klinikákat. Annak ellenére is, hogy a Vörös Hadsereg az egyetem számos épületét és több klinikát lefoglalt a sebesült katonái elhelyezése céljára. Ekkor az országban a szegedi volt az egyetlen egyetem, amely az 1944/45. tanév őszi félévében működött. Még az őszi hónapokban a szovjet katonai felszólításra a többi intézmény vezetőjeként ő is aláírt két röpiratot. Az egyik cáfolta a Szálasi Ferencék által terjesztett rémhírt, hogy Vörös Hadsereg az egész szegedi ifjúságot a Szovjetunióba deportálta, a másikban a főváros lakosságát szólították fel, hogy adják fel a céltalan és hasztalan ellenállást. Mindkét röpiratot a szovjetek sokszorosították és repülőkkel szórták szét a még el nem foglalt területek felett. A nyilas kormány ezekért a röpcédulákért az összes aláírót távollétükben halálra ítélték.

1949 áprilisában, alig 54 éves korában azonnali hatállyal kényszernyugdíjazták, mert nem támogatta nyilvánosan a Mindszenty József hercegprímás elleni koncepciós pert. Helyettesítését kezdetben a minisztérium előterjesztésére Eperjessy Kálmán és Mérei Gyula végezte. 1949. június 27-én rendi elöljárói engedélyével Bátaszékre vonult vissza, ahol készséggel állt a helyi papság rendelkezésére. Visszavonulása alatt a nagyobb könyvtárak és levéltárak állományától megfosztva állította össze nagy egyháztörténeti monográfiáját (A katolikus egyház története Magyarországon 1914-ig. Dissertationes Hungaricae ex historia Ecclesiae 1.), amelyet végül posztumusz 1973-ban Münchenben az Aurora Kiadó jelentett meg Adriányi Gábor szervezőmunkájának köszönhetően.

1970. március 22-én, élete 75., nyugállománya 21. esztendejében Bátaszéken koszorúér elzáródás következtében hunyt el, s két nappal később Cserháti József pécsi megyéspüspök temette el.