A Sopron megyei Csepregen született hivatalnoki családban. Édesapja takarékpénztári igazgató volt. A középiskolát Kőszegen, Sopronban és Győrött végezte, majd felsőfokú tanulmányait a Pannonhalmi Tanárképző Főiskolán (1900–1906) és a Budapesti Tudományegyetemen folytatott (1906). Matematika-természettan-filozófia szakos tanári (1907) és bölcsészdoktori oklevelet (1911) szerzett. 1921–1930 között a dunántúli bencés gimnáziumokban (Komárom, Esztergom, Kőszeg, Pápa, Budapest) tanított, miközben a természettudományok ismerettana (1920), az „ismerettan és logika” (1926), valamint a „lélektan és kísérleti pedagógia” (1930) tárgykörökből egyetemi magántanárrá képesítették. Az 1928–1929. tanévtől a budapesti tudományegyetemen tanított, s ettől kezdve egészen 1938 elejéig a modern neveléslélektan legkülönbözőbb területeit ölelték fel előadásai. A pécsi Erzsébet Tudományegyetem bölcsészkarának Pedagógiai Tanszékére már rutinos pszichológiaoktatóként érkezett 1938-ban, innen 1941-ben (a pécsi bölcsészkar megszüntetését követően) Szegedre hívták oktatni. A Kolozsvárra visszaköltöző egyetemmel távozó Várkonyi Hildebrand ugyanis Bognár Cecilt javasolta hivataléi utódául, aki ekkor már ismert név volt a hazai fejlődés- és pedagógiai lélektan területén, és Várkonyihoz hasonlóan pannonhalmi bencés szerzetes volt. 1941–1950 között, nyugdíjazásáig a szegedi egyetemen a Lélektani Tanszék vezetője, egy tanévben a bölcsészkar dékánja (1943/44) volt.

A korábban egységes szegedi-kolozsvári egyetem kettészakadása, jelentős tanárainak távozása után számos nehézséggel kellett szembenéznie intézetvezetőként. Egyetemi tanárként sokat publikált és aktívan vett részt az oktatásban. Kezdetben főként ismeretelméleti kérdésekkel, utóbb gyermek- és fejlődéslélektannal foglalkozott. A Gyermektanulmányi Füzetek 6. számának szerkesztője (1936), közreműködött a Gyermek című folyóirat szerkesztésében (1935–1938). Szegedi időszakában is értékes művei jelentek meg: A mindennapi élet lélektana (Budapest, 1941.), Lélektan és nevelés (Budapest, 1943). Írásaiban szívesen foglalkozott az iskolás gyermek sajátosságaival, a gyermektípusokkal, a nevelés lélektani kérdéseivel. Szegedi kurzusait a következő témakörökben hirdette meg: lélektan és gyermeklélektan, lélektani kutatási módszerek, logika, pszichológia, tudományelmélet.

A hazai szakmai közéletben fontos szerepet töltött be: többek között 1931-től ő vezette a Magyar Gyermektanulmányi Társaság Gyermekpszichológiai Szakosztályát, a Magyar Pszichológiai Társaság társelnöke, az Országos Közoktatási Tanács tagja volt. Foglalkoztatta a nők nevelésének és lélektanának kérdése is, ebben a tárgykörben érdeklődéssel követte Gerard Heymans kutatásait. A politikai változások nyomán 1949-től eltiltották a tanítástól, 1950-ben pedig nyugdíjazták a 67 esztendős, köztiszteletben álló tudóst. Ezután a Lélektani Intézetet beolvasztották a Neveléstudományi és Lélektani Intézetbe, amelynek vezetője ekkor már egy esztendeje Tettamanti Béla volt. Ez pontosan fejezte ki a lélektan tudományának tudatos visszaszorulását az 1950-es évek Magyarországán.