Az Arad megyei Székudvaron született. Elemi iskoláit Boros-sebesen, majd Békésen folytatta. 1906-ban érettségizett a békési református gimnáziumban. A kolozsvári egyetem történelem–földrajz szakos hallgatójaként 1910-ben végzett, szakdolgozatát a békési magyarság népi építkezéséről írta Cholnoky Jenő geográfus professzornál. Már azt megelőzően doktorált, hogy 1911-ben középiskolai tanári oklevelet szerzett volna szintén ebből a témakörből. 1914-ben régészetből és néprajzból szerzett végbizonyítványt. Régészeti szakismereteit a Pósta Béla által vezetett tanszéken szerezte meg. A Kolozsvári központú Erdélyi Múzeum-Egylet gazdag gyűjteményei, amelyeknek nem kevés szerepük volt abban, hogy 1872-ben épp Kolozsváron nyílt meg az ország második újkori egyeteme, szintén további indíttatást adtak számára. Szintén Kolozsváron került kapcsolatba Márki Sándorral, akiben a hozzá hasonló gyűjtőszenvedélyű tudósra talált.

A szegedi főreáliskola tanára lett 1920-ban, s a következő évtől bekapcsolódott az idemenekült kolozsvári egyetem újjászervezési munkálataiba, részt vett a kolozsvári Érmészeti és Régészeti Intézet utódának, a szegedi Régiségtudományi Intézetnek az alapvetésénél (1924). Magántanári előadásainak tárgyköre igen változatos: a halászatról, a pásztoréletről, a népi iparokról, a kalendáris szokásokról, a boszorkányperek néprajzi vonatkozásairól, Szeged néprajzáról és a magyarországi nemzetiségek néprajzáról tartott előadásokat. Banner Jánost 1924 februárjában az Archaeológiai Intézet adjunktusává nevezték ki, de azután is tartott néprajzi előadásokat. 1928-tól adjunktus, 1929-ben lesz címzetes nyilvános rendkívüli tanár. Első régészeti előadásait az 1928/29-es tanévben tartotta.

Buday Árpád halála után, 1937-ben nyilvános rendes tanári és a Régiségtudományi Tanszék élére vezetői kinevezést szerzett, s 1946-ban a budapesti egyetemre történt távoztáig látta el ezt a hivatalt. Az 1940/1941. tanévben dékánná választották, és ugyanebben az évben kezdte meg tevékenységét a Diákjóléti és Diákvédő Iroda hagyományosan nagytekintélyű elnöki székében (1940–1944). Szegedi professzorsága alatt leginkább régészeti és néprajzi vonatkozású munkásságot folytatott: rendkívül nagyszámú ásatással gazdagította a dél-kelet magyarországi múzeumok anyagát. Egyik legszorgosabb munkása volt a régészet 20. századi nagy fellendülésének. Előadásaiban Európa és Magyarország régészetét tekintette át a paleolitikumtól a népvándorlás koráig.

Az 1928-ban alapított Szegedi Alföldkutató Bizottság tevékenységében a dél-alföldi néprajzi kutatás programját dolgozta ki. A bizottság indította el 1929 januárjában a Népünk és Nyelvünk című folyóiratot, amely az Alföld néprajzával, népi társadalmával foglalkozó kutatók első számú fórumává vált. 1946 Pázmány Péter Tudományegyetem, illetve az Eötvös Loránd Tudományegyetem Ősrégészeti Tanszékének vezetése (1946–1967) után, 1968-ban vonult nyugdíjba. Budapesti éveiben elindította a Közép-Duna-medence régészeti bibliográfiájának sorozatát, és tanulságtételként megírta néhány pályatársa emberi és tudósi életrajzát. Nyugdíjazása után három évvel, 1971-ben érte a halál, a budapesti Farkasréti temetőben nyugszik.