Az első világháborút követő erdélyi impériumváltás után 1921-ben Szeged adott otthont az 1872-ben alapított kolozsvári Magyar Királyi Ferenc József Tudományegyetemnek. Az egyetem első szegedi éveitől kezdve, követve a Kolozsváron kialakult hagyományokat, teret biztosított a történettudományi kutatásokat és történettudományt oktató tanszékek számára, amelyek a Történeti Intézetbe szerveződve illeszkedtek a Bölcsészettudományi Kar intézményrendszerébe.

Az elmúlt évszázad alatt a Történeti Intézet neve, az Intézetet alkotó tanszékek száma, a tanszékek neve és felépítése is változott. A 2015-ben történt szervezeti átalakítást követően 2026. június 30-ig nyolc tanszék és két kutatócsoport alkotta a Történeti Intézetet: Történeti Segédtudományok Tanszék, Régészeti Tanszék, Ókortörténeti Tanszék, Középkori Egyetemes Történeti Tanszék, Középkori és Kora újkori Magyar Történeti Tanszék, Modernkori Magyar Történeti Tanszék, Újkori Egyetemes Történeti és Mediterrán Tanulmányok Tanszék, Jelenkortörténeti Tanszék, MTA−Hadtörténeti Intézet és Múzeum - Szegedi Tudományegyetem - Magyar Nemzeti Levéltár: Magyar Medievisztikai Kutatócsoport. A 2026. július 1-től érvénybe lépő szervezeti átalakítás szerint négy tanszék alkotja az Intézetet: Régészeti Tanszék, Ókor-, Középkortörténeti és Segédtudományi Tanszék, Kora Újkori és Újkori Történeti Tanszék, Jelenkortörténeti Tanszék.

A Történeti Intézet szervezi a történelem szakos képzéseket, a bolognai rendszerű alap (Ba) és mester (Ma) képzés mellett az osztatlan szakpáros történelemtanár-képzésre jelentkezhetnek felvételizők.

A Történeti Intézet 1994-ben indította a doktori képzést, amelynek keretében Antikvitás, Medievisztika, Modernkor, Jelenkortörténet doktori alprogram várja a hallgatókat.